Ο Έλληνας αμυντικός έκανε τα πρώτα του βήματα στην Δόξα Δράμας, στην πόλη όπου και γεννήθηκε, ενώ το 1990 μετακόμισε στην Νίκαια για χάρη του Ιωνικού.
Στο ποδόσφαιρο οι αμυντικοί δεν ξεχωρίζουν εύκολα. Παρόλα αυτά, ο Ξανθόπουλος διακρίθηκε διότι έπαιζε πάντα με πάθος και ήταν αρχηγός με όλη τη σημασία της λέξης. Πάντα καταλογούσε τις ευθύνες στον εαυτό του και μετά στην ομάδα, όπως επίσης πάντα βοηθούσε τους συμπαίκτες του ψυχολογικά και τους θύμιζε για τί και για ποιόν αγωνίζονται! Ήταν ένας ποδοσφαιριστής που έμπαινε πρώτος σε όλες τις φάσεις, ήταν καλός σε ψηλό και χαμηλό παιχνίδι, ενώ είχε καλά μαρκαρίσματα και εξίσου ποιοτικά τάκλιν.
Με την φανέλα του Ιωνικού, ο Γιάννης Ξανθόπουλος μέτρησε πάνω από 300 συμμετοχές, ενώ σκόραρε και πάνω από 20 φορές!
Ήταν ο στυλοβάτης της ομάδας τα 14 χρόνια που την υπηρέτησε, ενώ χάρις και σε αυτόν η ομάδα της Νίκαιας βγήκε στην Ευρώπη για πρώτη φορά τη σεζόν 1999-00. Στην εν λόγω διοργάνωση, έχασαν στον πρώτο γύρο από την γαλλική Ναντ με συνολικό σκορ 1-4. Επίσης, εκείνη τη σεζόν ο Ιωνικός κατάφερε να φτάσει μέχρι και τον τελικό Κυπέλλου Ελλάδας, όπου και έχασε από την ΑΕΚ με 3-0.
Στην ομάδα ξαναγύρισε το καλοκαίρι του 2021 στην θέση του Τεχνικού Διευθυντή, ενώ τον Ιούλιο αποχώρησε λόγω διαφωνιών με τη διοίκηση.
Ένα αναπόσπαστο κομμάτι του Ιωνικού.
Μια σύγχρονη σημαία.